馬前總統發動九月政爭，除了特偵組濫權監聽侵犯人民「秘密通訊自由」外，馬王惡鬥，原本受國會監督的總統，卻以兼任國民黨主席的身分，命國會議長下台，而其使用的證據卻是特偵組對國會的監聽譯文，如此錯亂憲政分際的政治惡鬥，引起關注台灣民主的國際學者共同聲討。
因此，九月政爭留下的憲政惡害，除了司法及檢察官應持續追究馬英九洩密的犯罪責任外，國會依據憲法對馬前總統發動彈劾，更具有確立權力分立原則的憲法意義。
馬英九「九月政爭」的毀憲亂政，讓長期關注台灣民主的28位國際學者包括：譚慎格、章家敦、金德芳、家博、林霨以及韋傑理等人發表共同聲明。共同聲明指出，「我們對於馬總統以特偵組對付政敵、干涉司法程序以達政治意圖，及試圖使立法院長王金平喪失職務等手段，表達深切關注」。也就是說，馬總統命立法院長王金平下台的舉動，在普世民主原則中，荒謬至難以置信。
當時身兼國民黨主席的馬總統主張「政黨自治」，認為法院對於王金平因開除黨籍而喪失國會議長身分之事件沒有審判權，司法不能審理國民黨的家務事。顯然馬總統認為，政黨可以門關起來亂搞，將政黨自治當成「法外之境」！
事實上，在正常民主法治國家，司法作為自由民主憲政秩序的守護者，對於政黨行為當然有審判權，憲法增修條文第5條更明定「司法院大法官，除依憲法第七十八條之規定外，並組成憲法法庭審理總統、副總統之彈劾及政黨違憲之解散事項。政黨之目的或其行為，危害中華民國之存在或自由民主之憲政秩序者為違憲。」之違憲政黨解散規範。
簡單的說，司法當然有權審理政黨行為，馬英九斷認「法院沒有審判權」，顯示馬前總統沒有權力分立的基本觀念。
我國人民團體法之規定，政黨係政治性人民團體，惟政黨之運作，與國家民主憲政之發展息息相關，因此德國將政黨認係「準憲政機關」，要求政黨須受憲法民主原則之拘束，同時賦予政黨高度自主性，受「政黨自治」之保障。然而政黨自治事項，應如同地方自治，法院雖應給予相當之尊重，但若政黨行為牴觸法律、憲法者，與地方政府作成之行政處分違法一樣，應受司法審判。
司法對於政黨內部爭議之審理，並非無審判權，僅係基於「政黨自治」之民主原理，應降低審查密度。陳新民大法官依據德國通說及政黨法指出：「為了尊重政黨的自治權…法院對有關政黨內部的紛爭事件，以採形式審查為主…若與權利濫用等無關時，涉及目的性考量，以及需要政治價值衡量時，法院率會尊重政黨的“自治權”」，（參陳新民，『政黨的內部民主制度』，東吳法律學報，198902(6:1期)，頁58），換句話說，司法機關對於政黨自治事項，並非無審判權，而只是在未涉違法、違憲事項時，應降低審查密度，以形式審查維持政黨之自主性，符合民主憲政之憲法精神。
依據台灣高等法院101年度上易字第1235號判決，法院採納訴訟代理人黃帝穎律師主張，即認為「系爭提名條例施行細則及系爭公告關於申請登記黨內初選之候選人，應繳納登記費、民調費用、保證金及其數額，及不得退選或退選後不得申請退費等規定，乃民進黨就黨員參與黨內提名初選相關權利義務所作之規範，屬其自治權限之範疇，且查無違反法律強制或禁止規定或公序良俗之情事，難認為無效」，可見司法對於政黨自治事項，仍堅守法律強制禁止與公序良俗規定的審查底限，而非如馬前主席所稱無審判權。
尤其甚者，馬前總統以特偵組「違法監聽」國會議員之證據，使國會議長王金平受國民黨考紀會撤銷黨籍，程序上又未給予當事人充分陳述意見之機會、事後又未給予內部救濟之管道，實質上更造成總統干預國會議長人事之「憲政惡害」，踐踏憲法「權力分立原則」之基本精神，無視釋字第499號解釋揭示「權力分立原則」為憲法不可破棄之「自由民主憲政秩序」核心價值。
因此，國會依據憲法增修條文規定，對馬前總統發動彈劾，除可免除對毀憲亂政者之禮遇，有效節省公帑外，更有確立憲法權力分立原則之憲法意義。2016/11/30（作者 黃帝穎 為現職律師）
